Pero tenía la cualidad de no negar un favor o una ayuda a un pobre siempre que pudiera hacerlo. Tenía veinte años cuando hubo una guerra entre Asís y la ciudad de Perugia. Francisco salió a combatir por su ciudad, y cayó prisionero de los enemigos.

Francisco no llegó al campo de batalla porque se enfermó y en plena enfermedad oyó que una voz del cielo le decía: "¿Por qué dedicarse a servir a los jornaleros, en vez de consagrarse a servir al Jefe Supremo de todos?". Entonces se volvió a su ciudad, pero ya no a divertirse y parrandear sino a meditar en serio acerca de su futuro. La gente al verlo tan silencioso y meditabundo comentaba que Francisco probablemente estaba enamorado. Él comentaba: "Sí, estoy enamorado y es de la novia más fiel y más pura y santificadora que existe". Los demás no sabían de quién se trataba, pero él sí sabía muy bien que se estaba enamorando de la pobreza, o sea de una manera de vivir que fuera lo más parecida posible al modo totalmente pobre como vivió Jesús. Y se fue convenciendo de que debía vender todos sus bienes y darlos a los pobres. Paseando un día por el campo encontró a un leproso lleno de llagas y sintió un gran asco hacia él. Pero sintió también una inspiración divina que le decía que si no obramos contra nuestros instintos nunca seremos santos. Entonces se acercó al leproso, y venciendo la espantosa repugnancia que sentía, le besó las llagas. Desde que hizo ese acto heroico logró conseguir de Dios una gran fuerza para dominar sus instintos y poder sacrificarse siempre a favor de los demás. Desde aquel día empezó a visitar a los enfermos en los hospitales y a los pobres. Y les regalaba cuanto llevaba consigo.

El primero que se le unió en su vida de apostolado fue Bernardo de Quintavalle, un rico comerciante de Asís, el cual invitaba con frecuencia a Francisco a su casa y por la noche se hacía el dormido y veía que el santo se levantaba y empleaba muchas horas dedicado a la oración repitiendo: "mi Dios y mi todo". Le pidió que lo admitiera como su discípulo, vendió todos sus bienes y los dio a los pobres y se fue a acompañarlo a la Porciúncula. El segundo compañero fue Pedro de Cattaneo, canónigo de la catedral de Asís. El tercero, fue Fray Gil, célebre por su sencillez. Cuando ya Francisco tenía 12 compañeros se fueron a Roma a pedirle al Papa que aprobara su comunidad. Viajaron a pie, cantando y rezando, llenos de felicidad, y viviendo de las limosnas que la gente les daba. En Roma no querían aprobar esta comunidad porque les parecía demasiado rígida en cuanto a pobreza, pero al fin un cardenal dijo: "No les podemos prohibir que vivan como lo mandó Cristo en el evangelio". Recibieron la aprobación, y se volvieron a Asís a vivir en pobreza, en oración, en santa alegría y gran fraternidad, junto a la iglesia de la Porciúncula. Dicen que Inocencio III vio en sueños que la Iglesia de Roma estaba a punto de derrumbarse y que aparecían dos hombres a ponerle el hombro e impedir que se derrumbara. El uno era San Francisco, fundador de los franciscanos, y el otro, Santo Domingo, fundador de los dominicos. Desde entonces el Papa se propuso aprobar estas comunidades.

Francisco tenía la rara cualidad de hacerse querer de los animales. Las golondrinas le seguían en bandadas y formaban una cruz, por encima de donde él predicaba. Cuando estaba solo en el monte una mirla venía a despertarlo con su canto cuando era la hora de la oración de la medianoche. Pero si el santo estaba enfermo, el animalillo no lo despertaba. Un conejito lo siguió por algún tiempo, con gran cariño. Dicen que un lobo feroz le obedeció cuando el santo le pidió que dejara de atacar a la gente.

Cuando sólo tenía 44 años sintió que le llegaba la hora de partir a la eternidad. Dejaba fundada la comunidad de Franciscanos, y la de hermanas Clarisas. Con esto contribuyó enormemente a enfervorizar la Iglesia Católica y a extender la religión de Cristo por todos los países del mundo. Los seguidores de San Francisco (franciscanos, capuchinos, clarisas, etc.) son el grupo religioso más numeroso que existe en la Iglesia Católica. El 3 de octubre de 1226, acostado en el duro suelo, cubierto con un hábito que le habían prestado de limosna, y pidiendo a sus seguidores que se amen siempre como Cristo los ha amado, murió como había vivido: lleno de alegría, de paz y de amor a Dios.

Cuando apenas habían transcurrido dos años después de su muerte, el Sumo Pontífice lo declaró santo, el 16 de julio.